En el Programa de Donación Externo del BT-CIEN puede participar cualquier persona interesada en contribuir a la investigación de las enfermedades neurológicas, tanto si padece una enfermedad neurológica, como si es una persona sana. La mayoría de los donantes activos del BT-CIEN residen en la Comunidad de Madrid, pero también se inscriben como donantes del BT-CIEN personas residentes en otras Comunidades Autónomas que no disponen de un banco de cerebros propio (p. ej., Castilla-La Mancha, algunas provincias de Castilla-León, Aragón, Baleares y Canarias).
En el Programa de Donación Externo participan, además de personas sin enfermedad neurológica, pacientes con enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson, enfermedad de cuerpos de Lewy, esclerosis lateral amiotrófica, enfermedad de Huntington, esclerosis múltiple, ataxias, etc. El BT-CIEN colabora estrechamente con múltiples asociaciones de familiares y pacientes de estas enfermedades para promover la donación de tejido cerebral para investigación.
La participación en este programa no implica en este momento la realización de evaluaciones periódicas de los donantes (neuropsicológicas, neurológicas, etc.), pero uno de los principales objetivos del BT-CIEN es ofrecer a medio plazo un programa de seguimiento anual a los donantes activos del biobanco.